De vlag van de gemeente Stekene is wettelijk vastgelegd in 1985 als 'blauw met een geel verkort latwerk van zes stukken, beneden horizontaal uitlopend tot de broekzijde en tot de vluchtzijde'.
Het 'gele latwerk' is de abstracte weergave van vlas. De vlasnijverheid speelde vroeger een belangrijke rol in onze deelgemeenten. In de vlag wordt het symbool van de vlasstruik aangewend om Stekene, Kemzeke en Klein-Sinaai samen te vlechten tot de nieuwe fusiegemeente. De gemeenschappen, die naar elkaar toegroeien, vormen een 'tent' die veiligheid en geborgenheid biedt voor de Stekenaars.